IT-avdelningen ansvarar för IT-system, inklusive förvaltning, säkerhet och utveckling vid högskolans lokaler i Stockholm och Karlstad. Avdelningen sköter även IT-miljön hos Försvarshögskolans internhyresgäster.

IT-chef och informationssäkerhetschef Marith Wiedersheim-Paul är avdelningschef.